めぐみ幼稚園は、95年以上という大田区でも指折りの長い歴史を持つ幼稚園で、卒園生は8,500人以上になります。
めぐみ幼稚園が創設されたのは、めぐみ教会と同じ1927年（昭和2年）で、東京府荏原郡大字新井宿字河原作475番地（現在の中央3丁目）でした。創設者は、日本における日曜学校（教会学校）教育・キリスト教幼児教育の草分け的存在として知られる岩村清四郎氏。めぐみ教会の初代牧師であり、幼稚園の初代園長です。
現在のめぐみの丘へ移動してきたのは、1945年（昭和20年）5月の東京大空襲によって教会と幼稚園が焼失した直後。かねてよりめぐみ女学園のために購入していた土地で、明治時代に栄えた料亭「曙楼」跡でした。
戦後1947年（昭和22年）、めぐみ教会は東大森教会と合同し「大森めぐみ教会」と改称。めぐみ幼稚園の名称も「日本基督教団大森めぐみ教会附属めぐみ幼稚園」となりました。
以来、1972年（昭和47年）より第二代岩村信二園長、2000年（平成12年）より第三代土戸清園長が教育にあたり、2008年には創立80周年記念事業として8年の歳月をかけて敷地内を全面改修。現在の姿になりました。
2013年4月（平成25年）には、関川泰寛園長（大森めぐみ教会牧師）、関川瑞恵副園長（大森めぐみ教会副牧師）が就任し、2019年11月（令和元年）には、園児たちの祈りの場であり、クリスマスページェントの発表や入園式・卒園式にも使われる現在の礼拝堂が完成。創設からの理念である「神さまを敬い、隣人を愛する」を守り、幼児教育の伝統を守り続けています。